Identifizierung potenzieller pleiotroper Gene für Immun- und Skeletterkrankungen mittels multivariater MetaCCA-Analyse

Hintergrund:

Immunsystem und Skelettsystem interagieren physiologisch und pathologisch miteinander. Immun- und Skeletterkrankungen können potenzielle pleiotrope genetische Faktoren gemeinsam haben, aber die gemeinsamen spezifischen Gene sind weitgehend unbekannt.

Zielsetzung:

Diese Studie zielte darauf ab, die sich überschneidenden genetischen Faktoren zwischen mehreren Krankheiten (einschließlich rheumatoider Arthritis (RA), Psoriasis, Osteoporose, Osteoarthritis, Sarkopenie und Fraktur) zu untersuchen.

Methoden:

Der Ansatz der kanonischen Korrelationsanalyse (metaCCA) wurde verwendet, um die gemeinsamen Gene für sechs Krankheiten zu identifizieren, indem aus genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) abgeleitete zusammenfassende Statistiken integriert wurden. Die Methode der vielseitigen Gene-based Association Study (VEGAS2) wurde weiter angewendet, um die mutmaßlichen pleiotropen Gene, die von metaCCA identifiziert wurden, zu verfeinern und zu validieren.

Ergebnisse:

Ungefähr 157 (p < 8,19E-6), 319 (p < 3,90E-6) und 77 (p < 9,72E-6) potenzielle pleiotrope Gene wurden identifiziert, die zwei Immunerkrankungen, vier Skeletterkrankungen und allen gemeinsam sind jeweils sechs Erkrankungen. Die drei wichtigsten mutmaßlichen pleiotropen Gene, die sowohl von Immun- als auch von Skeletterkrankungen geteilt werden, einschließlich HLA-B, TSBP1, und TSBP1-AS1 (p < E-300), waren in der Region des Haupthistokompatibilitätskomplexes (MHC) lokalisiert. Neunzehn von 77 mutmaßlichen pleiotropen Genen, die durch die metaCCA-Analyse identifiziert wurden, waren in der VEGAS2-Analyse mit mindestens einer Krankheit assoziiert. Insbesondere war die Mehrheit (18) dieser 19 mutmaßlich validierten pleiotropen Gene mit RA assoziiert.

Fazit:

Die metaCCA-Methode identifizierte einige pleiotrope Gene, die Immun- und Skeletterkrankungen gemeinsam haben. Diese Ergebnisse tragen dazu bei, unser Verständnis der gemeinsamen genetischen Mechanismen und Signalwege zu verbessern, die Immun- und Skeletterkrankungen zugrunde liegen.

Schlüsselwörter:

GWAS; VEGAS2; Immunerkrankungen; metaCCA; pleiotropes Gen; Skeletterkrankungen.

Dies ist ein automatisch übersetzter Artikel. Er kann nur einer groben Orientierung dienen. Das Original gibt es hier: psoriasis

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