Integrierte Analyse immunbezogener langer nichtkodierender RNAs als diagnostische Biomarker bei Psoriasis

Hintergrund:

Psoriasis ist eine chronisch immunvermittelte entzündliche Dermatose. Lange nichtkodierende RNAs (lncRNAs) spielen eine wichtige Rolle bei immunbedingten Erkrankungen. Ziel dieser Studie war es, potenzielle immunbezogene lncRNA-Biomarker für Psoriasis zu identifizieren.

Methoden:

Wir untersuchten differentiell exprimierte immunverwandte lncRNAs-Biomarker unter Verwendung von GSE13355 (Hautbiopsieproben von 180 Fällen) von Gene Expression Omnibus (GEO). Darüber hinaus wurden eine Gen-Ontologie (GO) -Analyse, eine Kyoto-Enzyklopädie der Gene und Genome (KEGG) -Analyse und eine Gen-Set-Anreicherungsanalyse (GSEA) durchgeführt, um biologische Mechanismen bei Psoriasis zu untersuchen. Darüber hinaus führten wir eine logistische LASSO-Regression durch, um potenzielle diagnostische lncRNAs zu identifizieren und den diagnostischen Wert und die Beziehung zur Arzneimittelantwort mithilfe von zwei Validierungssätzen weiter zu überprüfen: GSE30999 (Hautbiopsieproben von 170 Fällen) und GSE106992 (Hautbiopsieproben von 192 Fällen). Darüber hinaus haben wir den Grad der infiltrierten Immunzellen geschätzt und die Korrelation zwischen infiltrierten Immunzellen und diagnostischen lncRNA-Biomarkern untersucht.

Ergebnisse:

Insgesamt 394 differentiell exprimierte Gene (DEGs) wurden aus dem Genexpressionsprofil extrahiert. Eine GO- und KEGG-Analyse von Zielgenen ergab, dass immunverwandte lncRNAs hauptsächlich mit der Entwicklung der Epidermis, der Hautentwicklung, der kollagenhaltigen extrazellulären Matrix und der Glycosaminoglycan-Bindung assoziiert waren und hauptsächlich an der Cytokin-Cytokin-Rezeptor-Interaktion und dem Influenza A- und Chemokin-Signalweg angereichert waren. Wir fanden, dass LINC01137, LINC01215, MAPKAPK5-AS1, TPT1-AS1, CARMN, CCDC18-AS1, EPB41L4A-AS und LINC01214 eine gute diagnostische Wirksamkeit zeigten. Der ROC und der ROC CI betrugen 0,944 (0,907-0,982), 0,953 (0,919-0,987), 0,822 (0,758-0,887), 0,854 (0,797-0,911), 0,957 (0,929-0,985), 0,894 (0,846-0,942) und 0,964 (0,937-0,991) für LINC01137, LINC01215, MAPKAPK5-AS1, TPT1-AS1, CARMN, CCDC18-AS1, EPB41L4A-AS1 und LINC01214. LINC01137, LINC01215 und LINC01214 wurden mit der Arzneimittelantwort korreliert. LINC01137, CCDC18-AS1 und CARMN waren positiv korreliert mit aktivierten Gedächtnis-CD4-T-Zellen, aktivierten myeloischen dendritischen Zellen (DC), Neutrophilen, Makrophagen M1 und T-Follikel-Helferzellen (Tfh), während sie negativ mit T-regulatorischen Zellen (Treg) korrelierten. . LINC01215, MAPKAPK5-AS1, TPT1-AS1, EPB41L4A-AS und LINC01214 korrelierten negativ mit aktivierten Speicher-CD4-T-Zellen, aktiviertem myeloischem DC, Neutrophilen, Makrophagen M1 und Tfh, während sie positiv mit Treg korrelierten.

Schlussfolgerungen:

Diese Ergebnisse zeigten, dass diese immunbezogenen lncRNAs als potenzielle diagnostische und prädiktive Biomarker für Psoriasis verwendet werden können.

Schlüsselwörter:

Biomarker; Dermatose; Immunzelle; Schuppenflechte; lncRNA.

Dies ist ein automatisch übersetzter Artikel. Er kann nur einer groben Orientierung dienen. Das Original gibt es hier: psoriasis

Schreibe einen Kommentar