PySmash: Python-Paket und individuelles ausführbares Programm zur Erzeugung und Anwendung repräsentativer Unterstrukturen

Hintergrund:

Das Substruktur-Screening wird häufig angewendet, um die molekulare Wirksamkeit und die ADMET-Eigenschaften von Verbindungen in Pipelines zur Wirkstoffentdeckung zu bewerten. Es kann auch zur Interpretation von QSAR-Modellen für das Design neuer Verbindungen mit wünschenswerten physikochemischen und biologischen Eigenschaften verwendet werden. Mit der kontinuierlichen Anhäufung experimenteller Daten ziehen datengesteuerte Rechensysteme, die repräsentative Substrukturen aus großen chemischen Bibliotheken ableiten können, mehr Aufmerksamkeit auf sich. Daher ist die Entwicklung eines integrierten und praktischen Tools zum Generieren und Implementieren repräsentativer Unterstrukturen dringend erforderlich.

Ergebnisse:

In dieser Studie wurde PySmash entwickelt, ein benutzerfreundliches und leistungsstarkes Tool zum Generieren verschiedener Arten repräsentativer Unterstrukturen. Die aktuelle Version von PySmash bietet sowohl ein Python-Paket als auch ein einzelnes ausführbares Programm, das eine einfache Bedienung und Pipeline-Integration ermöglicht. Es werden drei Arten von Algorithmen zur Erzeugung von Unterstrukturen bereitgestellt, einschließlich kreisförmiger, pfadbasierter und funktionaler gruppenbasierter Algorithmen. Benutzer können bequem ihre eigenen Anforderungen an Größe, Genauigkeit und Abdeckung der Unterstruktur, statistische Signifikanz und parallele Berechnung während der Ausführung anpassen. Außerdem bietet PySmash die Funktion für das externe Daten-Screening.

Fazit:

PySmash, ein benutzerfreundliches und integriertes Tool zur automatischen Generierung und Implementierung repräsentativer Unterstrukturen, wird vorgestellt. Drei Screening-Beispiele, darunter die Ableitung von Toxikophoren, die Erkennung privilegierter Motive und die Integration von Substrukturen in ML-Modelle (Machine Learning), veranschaulichen die Nützlichkeit von PySmash bei der Bewertung von Sicherheitsprofilen, der Erforschung therapeutischer Aktivitäten bzw. der molekularen Optimierung. Das ausführbare Programm und das Python-Paket sind unter https://github.com/kotori-y/pySmash verfügbar.

Schlüsselwörter:

ADMET; Python-Paket; QSAR; Software; Substruktur-Screening.

Dies ist ein automatisch übersetzter Artikel. Er kann nur einer groben Orientierung dienen. Das Original gibt es hier: psoriasis

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